提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(文图:赵筱尘 巫邓炎)
[责编:天天中]
阅读剩余全文()
视觉焦点
汶川地震后十年 救灾扶贫创新成效显著
英警方要查强奸受害者手机被批:数字化的脱衣搜身
推荐阅读
吉好彩票古代人早就使用过的七大“现代发明”
2024-05-30
吉好彩票魔域“太和”四季 域你共享
2024-06-14
吉好彩票《POP/STAR》MV海外点击量超越S4主题曲
2024-02-17
吉好彩票土超队遭遇车祸:捷克国脚苏拉尔离世 西塞等人受伤
2024-06-13
吉好彩票中国工艺美术产业之路的“七连问”
2023-10-10
吉好彩票赵丽颖微博取关前经纪人黄斌
2024-02-01
吉好彩票2022年海峡两岸民俗文化节在福州开幕
2023-10-19
吉好彩票男童被狗咬伤致死 法院判多名被告人共同赔付78万
2023-08-18
吉好彩票王健林投中国足球前夜:王思聪出质所持大连万达股权
2024-05-18
吉好彩票美国大师赛决赛轮分组 伍兹莫里纳利21:20出发
2023-11-08
吉好彩票出鞘:我海军70周年活动有哪些亮眼小国舰艇?
2024-02-10
吉好彩票村民雨天在田里插秧 遭雷电击中不幸身亡
2024-02-28
吉好彩票印度洋发现新型生物:全身透明发出幽蓝亮光
2023-09-14
吉好彩票赢球只是运气好?世乒赛日本对国乒八战全败输得很彻底
2023-12-01
吉好彩票为拼搏喝彩 向坚持致敬
2024-02-21
吉好彩票[找对象] 气质满分妹子 爱宠物爱生活
2023-08-02
吉好彩票《纽约时报》刊登种族歧视漫画 道歉难平众怒(图)
2023-08-25
吉好彩票黑龙江大兴安岭地下发现罕见22斤“太岁”
2023-09-02
吉好彩票道路结冰,莫忘出行安全
2023-12-05
吉好彩票凤凰周刊:如果不靠高考,你该如何体面地出人头..
2024-02-05
吉好彩票 NBA-凯尔特人胜雄鹿 欧文强攻字母哥
2023-10-23
吉好彩票考生福利:如何报志愿?
2023-12-24
吉好彩票新增3所中外合作办学机构
2023-08-01
吉好彩票没冰淇淋机,也能做冰..
2024-03-12
加载更多![](/t2/images/1.gif)
吉好彩票地图